Badania genomiki nowotworów
Dzięki bliskiemu sąsiedztwu Politechniki Śląskiej (PŚ) i Centrum Onkologii im. Marii Skłodowskiej-Curie w Gliwicach (IO), wspólne badania prowadzone są w interdyscyplinarnych zespołach badawczych od ponad 20 lat, przyjmując formę zarówno projektów formalnych, finansowanych ze źródeł NCN czy NCBiR jak i działań o charakterze nieformalnym, wynikających z chęci poznania odpowiedzi na nurtujące badaczy pytania. Zakres tematyczny prowadzonych projektów jest bardzo szeroki, obejmuje zarówno badania na poziomie molekularnym jak i wieloczynnikowe analizy przeżywalności pacjentów.
Naukowcy z PŚ są światowej klasy ekspertami z zakresu badań nad rakiem, są też wybitnymi specjalistami w dziedzinie medycyny spersonalizowanej i nanomedycyny, a ich osiągnięcia w obszarze algorytmów przetwarzania obrazów medycznych są na najwyższym poziomie.
Potwierdzają to zarówno bardzo liczne publikacje w najbardziej renomowanych czasopismach naukowych (>100 w top10 wg listy Scopus/WoS w czasie ostatnich 5 lat), jak i udokumentowana wieloma wspólnymi projektami współpraca z badaczami z top100 uniwersytetów z szanghajskiej listy (Uni of Cambridge, Columbia Uni, Uni of California LA i San Fran, Yale University, Imperial College London, Heidelberg Uni, Technical Uni of Munich, Uni of Texas - M.D. Anderson Cancer Centre, Uni of Geneva, McGill Uni, Rice Uni, Uni of Florida czy Stockholm Uni). Prace dotyczące genomiki nowotworów, m.in. nad algorytmami oceny struktur klonalnych oraz modelami ewolucji komórek nowotworowych, czy też te skupiające się na wielodziedzinowym badaniu proliferacji komórek i interakcji szlaków sygnałowych EMT i NF-kB spotkały się z dużym zainteresowaniem innych badaczy. Integracja informacji na różnych poziomach (molekularnym, komórkowym, tkanki nowotworowej) stanowi przyszłościowy kierunek a badania w tym zakresie realizowane są we współpracy ze specjalistami z przodujących ośrodków zagranicznych (Columbia, UT, Baylor College of Medicine, Rice) oraz krajowych (IPPT PAN, IO).
Nasi eksperci
Marek Kimmel jest profesorem na Wydziale Statystyki Uniwersytetu Rice i profesorem (profesor tytularny od 2002 r.) w Zakładzie Inżynierii Systemów na Politechnice Śląskiej. Profesor Kimmel jest ekspertem w dziedzinie biocybernetyki. Jego obszar badań obejmuje prognozy oparte na modelowaniu progresji, wykrywania i leczenia raka płuc; teorię i zastosowanie procesów gałązkowych w biologii i genetyce nowotworów; podejście genomiczne m.in. do nowotworów hematologicznych, modelowanie ścieżek sygnałowych związanych z czynnikiem transkrypcyjnym NF-kB oraz badania w dziedzinie genetyki populacyjnej chorób złożonych.
Michał Marczyk specjalizuje się w biocybernetyce, jest zatrudniony w Zakładzie Analizy Eksploracyjnej Danych na Wydziale Automatyki, Elektroniki i Informatyki Politechniki Śląskiej. Od grudnia 2017 przebywa na stażu naukowym w Yale Cancer Center, Yale School of Medicine, New Haven, USA. Obszar jego zainteresowań badawczych skupia się wokół zagadnień szeroko rozumianej bioinformatyki i metod eksploracji danych biologicznych i medycznych. Obecnie zajmuje się analizą danych z sekwencjonowania genomu (ATAC-seq, Bisulfite sequencing, whole genome sequencing) oraz transkryptomu (RNA-seq, single-cell RNA-seq) w badaniach translacyjnych w onkologii prowadzonych w celu poszukiwania nowych kandydatów na leki oraz ulepszania terapii nowotworowych.
Polecane publikacje
Analysis of two mechanisms of telomere maintenance based on the theory of g-Networks and stochastic automata networks.pdf
Kyung Hyun Lee & Marek Kimmel, BMC Genomics 21 (2020) 587
Pobierz
Statistical inference for the evolutionary history of cancer genomes.pdf
NK Dinh, Roman Jaksik, Marek Kimmel, A Lambert., S Tavare, Statistical Science 35 (2020) 129-144
Pobierz
A mathematical model as a tool to identify microRNAs with highest impact on transcriptome changes.pdf
Marzena Mura, Roman Jaksik, Anna Lalik, Krzysztof Biernacki, Marek Kimmel, Joanna Rzeszowska-Wolny & Krzysztof Fujarewicz, BMC Genomics 20 (2019) 114
Pobierz
