Onkologia obliczeniowa i spersonalizowana medycyna Priorytetowy Obszar Badawczy POB1

Centrum Biotechnologii zaprasza na seminarium Dr Aleksandry Pękowskiej z Instytutu Biologii Doświadczalnej im. M. Nenckiego w Warszawie o tytule "Wkład kompleksów tworzących pętle chromatynowe w kontrole ekspresji genów".

Domeny topologiczne (ang.: topologically associating domains, TADs) to interwały preferencyjnych interakcji w genomie. Wielkość TADs nie przekracza mega par zasad. Granice TADs nakładają się na granice wpływów enhancerow – większość par elementów regulujących ekspresje genów znajduje się we wspólnych TADs. Zatem, poznanie mechanizmów tworzenia TADs pozwoli nam na lepsze zrozumienie tego w jaki sposób geny są regulowane podczas rozwoju i w warunkach patologicznych. 

Kohezyny i czynnik transkrypcyjny CTCF tworzą TADs. Kohezyny, po załadowaniu na chromatynę, poruszają się po niej i, w procesie zdefiniowanym jako wyrzucania pętli(ang.: loop extrusion), powodują zbliżanie się do siebie regionów w genomie. Owocuje to powstawaniem rosnącej pętli chromatyny. Proces ten jest hamowany, kiedy kompleks wyrzucający pętle (kohezyny) napotyka białko CTCF, które jest związane z motywem ustawionym w kierunku nadchodzącego kompleksu. W przypadkach granicznych, kiedy obydwa regiony zbliżane do siebie przez kohezyny wiążą CTCF którego motywy są skierowane ‘na siebie’ czyli zbieżne (ang.: convergent), tworzy się silna pętla chromatyny.

Zaprezentuje prace, w których połączyliśmy metody pozwalające na rekonstrukcje struktury chromatyny opierające się na sekwencjonowaniu o wysokiej przepustowości (w tym in-situ HiC), narzędzia obliczeniowe I edycje genomu, aby lepiej zdefiniować, w jaki sposób kohezyny i CTCF uczestniczą w regulacji ekspresji genów. Przedstawię nasze dane łączące zużycie energii i aktywność kohezyn. Wprowadzę pojęcie pasa architektonicznego, wyspecjalizowanej struktury chromatyny zaangażowanej w funkcje enhancerow, które wpływa na regulację aktywności genów. W drugiej części wykładu zaprezentuje nasze badanie dynamiki struktury chromatyny podczas różnicowania embrionalnych komórek macierzystych.

Join Zoom meeting

Meeting ID: 979 4759 1730

Passcode: 970143