Tytuł projektu: Narzędzia bioinformatyczne wspomagające analizę danych genomowych, transkryptomicznych i proteomicznych
Numer: 02/010/BK17/0060/9 ; BK-204/RAU1/2017/9
Czas trwania: 2017-01-01-2018-12-31
Kierownik: Joanna Polanska
Główny wykonawca: Michał Marczyk
Wykonawcy: Joanna Zyla, Łukasz Krol, Justyna Mika, Anna Rotarska-Mizera, Anna Papiez, Katarzyna Bednarczyk, Agnieszka Cecotka, Anna Krawczyk, Franciszek Binczyk, Bożena Rolnik, Joanna Tobiasz
Opis projektu: Celami realizacji zadania są:
• Opracowanie metod oraz przeprowadzenie analizy danych dotyczących historii leczenia pacjentów z rozpoznaną cukrzycą i innymi zaburzeniami gospodarki węglowodanowej.
• Poszukiwanie biomarkerów chorób zwyrodnieniowych mózgu takich jak choroba Alzheimera oraz choroba Parkinsonna dla celów polepszenia wczesnej diagnostyki tych chorób. Wykorzystane zostaną dane z neuroobarzowania tj. obrazy medyczne uzyskane techniką magnetycznego rezonansu jądrowego, tomografii komputerowej oraz pozytonowej tomografii emisyjnej.
• Opracowanie technik dla wieloplatformowej analizy danych biologii molekularnej pozyskiwanych technikami wysokoprzepustowymi.
• Analiza środowiskowych i genetycznych czynników radiowrazliwości w oparciu o dane cechujące się zróżnicowanym stopniem pokrewieństwa.
• Badanie metod wstępnego przetwarzania obrazów żeli z elektroforezy 2D i opracowanie aplikacji wspomagających obliczenia.
• Opracowanie technik analizy zmian strukturalnych materiału genetycznego powstających
w liniach komórkowych w odpowiedzi na promieniowanie jonizujące celem powiązania trendów zachowań ze stopniem radiowrażliwości komórek.
• Opracowanie metod analizy danych wysokoprzepustowych związanych z odpowiedzią organizmu na promieniowanie jonizujące.
• Pogłębienie wiedzy na temat mechanizmów epigenetycznych i kontroli ekspresji genów, występujących przy ostrej białaczce szpikowej, będącej skutkiem m.in. promieniowania jonizującego.
Planowanymi efektami naukowymi i praktycznymi są:
• Poznanie sposobów leczenia cukrzycy oraz ścieżek terapii pacjentów z rozpoznaną cukrzycą
i innymi zaburzeniami gospodarki węglowodanowej.
• Znalezienie zespołu tzw. biomarkerów chorób zwyrodnieniowych mózgu takich jak choroba Alzheimera oraz choroba Parkinsonna które mogę zostać wykorzystane dla celów wczesnej diagnostyki tych chorób oraz opracowanie pełnej ścieżki przetwarzania danych neuroobrazowania.
• Utworzenie procedury dla łączonej analizy danych pozyskiwanych technikami wysokoprzepustowymi.
• Uzyskanie modelu wpływu czynników środowiskowych (E) i genetycznych(G), leżących
u podstaw zjawiska odpowiedzi na promieniowanie jonizujące.
• Wytworzenie aplikacji do analiz żeli 2D oraz podstawowej procedury detekcji białek w obrazie żelu elektroforetycznego.
• Wyselekcjonowanie markerów genetycznych umożliwiających zaklasyfikowanie pacjentów do grupy o zwiększonej bądź normalnej wrażliwości na promieniowanie.
• Opracowanie i rozwinięcie metody klasteryzacji znajdującej potencjalne zastosowanie
w analizach pomiarów o zadanej relacji porządku (przykladowo dla szeregów czasowych).
• Impementacja algorytmów analizy danych pochodzących z badań nad wpływem promieniowania jonizującego na organizmy żywe, uzyskanych metodami wysokoprzepustowymi.
• Opracowanie metod i algorytmów do analizy i integracji danych genomicznych
i transkryptomicznych dotyczących wpływu promieniowania jonizującego na mechanizmy ekspresji genów, ze szczególnym uwzgl
Afiliowane publikacje:
1. Robert Dziedzic, Tomasz Marjański, Franciszek Binczyk, Joanna Polanska, Wioletta Sawicka, Witold Rzyman, Favourable outcomes in early-stage non-small cell lung cancer patients operated by VATS – a propensity score-matched analysis. European Journal of Cardio-Thoracic Surgery, 2018, 54(3): 547–553, doi: 10.1093/ejcts/ezy101
2. Ewa Rusak, Anna Rotarska-Mizera, Piotr Adamczyk, Bogdan Mazur, Joanna Polanska and Agata Chobot: Markers of anemia in children with type 1 diabetes, Journal of Diabetes Research, 2018, ID 5184354, 7 pages, https://doi.org/10.1155/2018/5184354
3. Joanna Tobiasz, Najla Al-Harbi, Sara Bin Judia, Salma Majid, Ghazi Alsbeih, and Joanna Polanska: Are Radiosensitive and Regular Response Cells Homogeneous in Their Correlations Between Copy Number State and Surviving Fraction After Irradiation? 6th International Work-Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering, IWBBIO 2018, April 25-27, 2018, Granada, Spain. Lecture Notes in Bioinformatics, 10813:197-208, doi: 10.1007/978-3-319-78723-7_17
4. Suwalska Aleksandra, Kocot Szymon, Binczyk Franciszek, Siuda Joanna, Bobek-Billewicz Barbara, Tarnawski Rafal, Polanska Joanna, Rudzinska-Bar Monika: Wykorzystanie konwolucyjnych sieci neuronowych do identyfikacji na obrazach MRI obszarów istotnych w diagnostyce zaburzeń funkcji poznawczych w przebiegu choroby Parkinsona. III Kongres Polskiego Towarzystwa Choroby Parkinsona i Innych Zaburzeń Ruchowych, Katowice 12-14 kwietnia 2018
5. Binczyk F, Marczyk M, Polanska J: LISI – system for automated Lymphocyte Identification in H-E Stained tissue Images. 2nd Annual Meeting of MAQC Society, Precision Medicine and Clinical Omics, February 24-27, 2018, Shanghai, China
6. Chobot Agata, Janota Oliwia, Polanska Joanna, Pluskiewicz Wojciech: Jakość tkanki kostnej u młodzieży i młodych dorosłych z cukrzycą typu 1 w porównaniu z wynikami sprzed 10 lat. Przegląd Pediatryczny, 47(1):24; XVI Konferencja Cukrzycy Typu 1 Sekcji Pediatrycznej Polskiego Towarzystwa Diabetologicznego, 12-14 kwietnia 2018, Łódź.
7. Chobot A, Sokołowska M, Stompór J, Szyda K, Deja G, Polanska J, Jarosz-Chobot P: Okres remisji u dzieci z cukrzycą typu 1(T1DM) rozpoznaną w latach 2012-2013, 4-letnia obserwacja kliniczna. XVI Konferencja Cukrzycy Typu 1 Sekcji Pediatrycznej Polskiego Towarzystwa Diabetologicznego, 12-14 kwietnia 2018, Łódź. Przegląd Pediatryczny, 47(1):26-27
8. Gosławska Z, Jarosz-Chobot P, Szczepańska M, Szadkowska A, PiątkiewiczP, Bernas M, Polanska J, Chobot A: Ocena wiedzy dotyczącej cukrzycy wśród studentów ostatniego roku kierunku lekarskiego. XVI Konferencja Cukrzycy Typu 1 Sekcji Pediatrycznej Polskiego Towarzystwa Diabetologicznego, 12-14 kwietnia 2018, Łódź. Przegląd Pediatryczny, 47(1):31-32
9. Tobiasz J., Al-Harbi N., Bin Judia S., Majid S., Alsbeih G., Polanska J., Mathematical modelling as a method of feature selection for radiosensitivity biomarkers identification. 1st Summer School of the Malopolska Centre of Biotechnology. 22-25.05.2018, Zakopane, Poland
10. Mika J, Yoshida K, Kusunoki Y, Candeias S, Polanska J: Does diversity of T cell receptors functionality depend on age and sex? Book of Abstracts, p.117, XII Annual q-bio Conference, Houston, TX, June 26-29, 2018
11. Zyla J., Danek A., Labaj P., Polanska J.: iK-means clustering in RNA-Seq data analysis of complex experiment design structure. Book of abstracts p.27, Computational Approached in Precision Medicine, 2017, 27-28 July, Vienna, Austria
12. Binczyk F, Marczyk M, Polanska J: Detection of lymphocytes in stained whole tissue images by signal modelling approach. Computational Approaches in Precision Medicine, 2017, 27-28 July, Vienna, Austria
13. Zyla J, Badie C, Albeih G, Polanska J: Heritability in radiation response investigation of H2AX and MDM2. In Proceedings of the XXIII National Conference on Applications of Mathematics in Biology and Medicine, 2017, p. 155-160. Eds. U. Forys, J. Smieja, ISBN: 978-83-932893-3-2
14. Papiez Anna, Badie Christophe and Polanska Joanna. Response profiles for high and therapeutic radiation doses in breast cancer patients, 2017. XXIII National Conference on Applications of Mathematics in Biology and Medicine (XXIII KKZMBM), 11/09/2017-15/09/2017, Jugowice, Polska, pp. 137-142 Response profiles for high and therapeutic radiation doses in breast cancer patients, ISBN: 978-8-3932-8933-2, pp. 137-142.
15. E. Rusak, P. Adamczyk, B. Mazur, A. Rotarska-Mizera, J. Polanska, A. Chobot: Early markers of anemia among children with type 1 diabetes (T1DM), 43rd Annual Conference of the International Society for Pediatric and Adolescent Diabetes, Innsbruck, Austria, October 18 – 21, 2017, P267, Pediatric Diabetes, 18(S25):145
16. A. Chobot, M. Sokolowska, J. Stompor, K. Szyda, G. Deja, J. Polanska, P. Jarosz-Chobot: Type 1 diabetes (T1DM) remission in a cohort of 194 children – evidence supporting the acceleration hypothesis?, 43rd Annual Conference of the International Society for Pediatric and Adolescent Diabetes, Innsbruck, Austria, October 18 – 21, 2017, P352, Pediatric Diabetes, 18(S25):172
17. Z. Goslawska, P. Jarosz-Chobot, M. Szczepanska, A. Szadkowska, P. Piatkiewicz, M. Bernas, J. Polanska, A. Chobot: Knowledge concerning diabetes among students of the final year of medicine in Poland, 43rd Annual Conference of the International Society for Pediatric and Adolescent Diabetes, Innsbruck, Austria, October 18 – 21, 2017, eP177, Pediatric Diabetes, 18(S25):114
18. Papiez A, Zyla J, Binczyk F, Polanska J: Drosophila melanogaster RNA-Seq analysis by k-means clustering with adaptive initial conditions, XXI Gliwickie Spotkania Naukowe 2017, 17-18.11.2017, Gliwice, Polska, Book of Abstracts, p.135.
19. Papiez Anna, Azimzadeh Omid, Tapio Soile and Polanska Joanna. Regression analysis for dose and age related deregulated proteins, 2017. 4th ICRP Symposium on the system of radiological protection and 2nd European Radiological Protection Research Week (ICRP-ERPW 2017), 10/10/2017-12/10/2017, Paris, France, pp. 83
20. Zyla J., Kabacik S., Manning G., Finnon P., Wakil S., Alsbeih G., Badie C., Polanska J.: Genetic factors in radiation-induced gamma-H2AX phosphorylation and in silico based identification of SNPs influencing its response level. 4th International Symposium on the System of Radiological Protection of International Commission on Radiological Protection and 2nd European Radiation Protection Research Week, ICRP-ERPW 2017, p.83, 10-12.10.2017, Paryż, France
21. Joanna Tobiasz, Ghazi Alsbeih, Joanna Polanska: Background radiation-induced differences of Copy Number Variations between radiosensitive and regular response patients. 4th International Symposium on the System of Radiological Protection of International Commission on Radiological Protection and 2nd European Radiation Protection Research Week, ICRP-ERPW 2017, 10-12.10.2017, Paris, France
22. Tobiasz J., Al-Harbi N., Bin Judia S., Majid S., Alsbeih G., Polanska J., Correlation between radiosensitivity and background radiation-induced Copy Number Variations. XXI Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 165. 17-18.11.2017, Gliwice, Poland
23. Marczyk M: Methods for filtering 2D gel electrophoresis images. Book of Abstracts, p.116, XXI Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 17-18, 2017
24. Binczyk F., Marczyk M., Polanska J.: Automated detection of lymphocytes in whole slide histopathological images using mimseg2 approach. XXI Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 68. 17-18.11.2017, Gliwice, Poland.
25. Cecotka A., Polanska J.: Different methylation profiles and their alterations among gene associated and intergenic genome regions in AML. XXI Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 71. 17-18.11.2017, Gliwice, Poland.
26. Kocot S., Binczyk F.: Application of fully convolutional deep neural networks as an efficient technique for automated segmentation of gliomas. XXI Gliwice Scientific Meetings, Book of abstracts, p. 105. 17-18.11.2017, Gliwice, Poland.
Tytuł projektu: Wybrane problemy przetwarzania barwnych obrazów cyfrowych
Numer: 02/010/BK17/0060/04 ; BK-204/RAU1/2017/04
Czas trwania: 2017-01-01-2018-12-31
Kierownik: Bogdan Smolka
Główny wykonawca: Henryk Palus
Wykonawcy: Adam Popowicz, Bartosz Binias, Artur Bal, Mariusz Frackiewicz, Andrzej Kordecki, Marek Szczepanski, Krystian Radlak
Opis projektu: Celami realizacji zadania są:
• Opracowanie nowej rodziny filtrów umożliwiających poprawę jakości barwnych obrazów cyfrowych zakłóconych przez mieszaninę szumu impulsowego i gaussowskiego. Koncepcja nowego paradygmatu filtracji opiera się na zastosowaniu odpornej miary podobieństwa pikseli uwzględniającej strukturę ich lokalnego sąsiedztwa.
• Opracowanie algorytmu redukcji szumów impulsowych w barwnych obrazach cyfrowych bazującego na transformacji dystansowej.
• Utworzenie nowej klasy algorytmów redukcji szumów mieszanych w obrazach cyfrowych
i w sekwencjach wideo, opartych na koncepcji ścieżek cyfrowych oraz średnich nielokalnych. Proponowana metoda będzie łączyła efektywność detekcji impulsów ze skutecznością filtracji zakłóceń o rozkładzie zbliżonym do rozkładu Gaussa, poprzez wykorzystanie algorytmu średnich nielokalnych oraz samopodobieństwa kolejnych klatek obrazu.
• Nowe zastosowania wskaźnika DSCSI (Directional Statistics based Color Similarity Index) do oceny obrazów poddanych przetwarzaniu wstępnemu.
• Opracowanie algorytmów detekcji skóry w obrazach barwnych.
• Utworzenie nowych metod segmentacji obrazów monochromatycznych i barwnych, bazujących na rozroście obszarów. Rozwijanie kombinowanych metod kwantyzacji obrazów barwnych wraz z ditheringiem.
• Zastosowanie wskaźników jakości (Jaccarda, Dice’a i innych) do oceny jakości segmentacji obrazów.
• Opracowanie poprawionej metody Funta dla potrzeb kalibracji kolorymetrycznej.
• Zastosowanie algorytmów wizji komputerowej do rozpoznawania autentyczności ekspresji mimicznych.
• Opracowanie procedur kalibracji kolorymetrycznej urządzeń pozyskujących oraz reprodukujących obrazy cyfrowe. Badania będą dotyczyły m.in. wpływu warunków otoczenia na procesy pozyskiwania i reprodukcji obrazów, metod korekcji zniekształceń powstałych
w wyniku akwizycji obrazów i technik tworzenia obrazów o rozszerzonym zakresie dynamiki.
• Analiza możliwości poprawy wyników segmentacji obrazów poprzez: zastosowanie nowych kryteriów łączenia obszarów na etapie przetwarzania końcowego, rozwój metod przydziału pikseli leżących między dwoma obszarami oraz opracowanie elastycznych metod oceny wyników segmentacji.
Planowanymi efektami naukowymi i praktycznymi są:
• Zastosowanie nowych algorytmów redukcji szumów do poprawy jakości obrazów i sekwencji wideo pozyskiwanych za pomocą kamer szybkobieżnych.
• Wykorzystanie zasobów kart graficznych do akceleracji algorytmów redukcji szumów impulsowych w barwnych obrazach cyfrowych i sekwencjach wideo.
• Zastosowanie opracowanych algorytmów do redukcji szumów w obrazach i sekwencjach wideo pozyskanych w trudnych warunkach oświetleniowych. Dodatkowo zaproponowane algorytmy zostaną wykorzystane do poprawy jakości pojedynczego obrazu przy jego wielokrotnej akwizycji.
• Powstałe algorytmy detekcji skóry umożliwią ich zastosowanie m. in. do wykrywania chorobowych zmian dermatologicznych.
• Opracowane metody segmentacji zostaną zastosowane do analizy obr
Afiliowane publikacje:
1. B. Smolka, L. Malinski, Impulsive noise removal in color digital images based on the concept of digital paths, Proceedings of 13th International Conference on Computer Science & Education (ICCSE), 8-11 August, 2018, Colombo, Sri Lanka, pp 499-504, (IEEE), 2018
2. L. Malinski, B. Smolka, On impulsive noise suppression techniques in color images, Proceedings of the 23nd International Conference on Methods and Models in Automation and Robotics (MMAR), Międzyzdroje, Poland, August 27-30, 2018, pp. 401-406, (IEEE)
3. B. Smolka, J. Nalepa, M. Kawulok, B. Cyganek, Robust enhancement technique for color images corrupted by impulsive noise, Proc. SPIE 10670, Real-Time Image and Video Processing 2018, 1067003; doi: 10.1117/12.2303717
4. M. Walczak, J. Nalepa, M. Kawulok, W. Dudzik, B. Smolka, Evolutionary cortical surface segmentation, Proc. SPIE 10670, Real-Time Image and Video Processing 2018, 106700D; doi: 10.1117/12.2304549
Tytuł projektu: Narzędzia bioinformatyczne wspomagające analizę danych genomowych, transkryptomicznych i proteomicznych
Numer: BK/213/Rau1/2016/10, 02/010/BK_16/3015/10
Czas trwania: 2016/01/01-2017/12/31
Kierownik: Joanna Polanska
Główny wykonawca: Michał Marczyk
Wykonawcy: Franciszek Binczyk, Joanna Zyla, Anna Papiez, Agnieszka Blachowicz, Justyna Kotas, Łukasz Krol, Bożena Rolnik, Anna Rotarska-Mizera
Opis projektu: Celami realizacji zadania są:
• Opracowanie narzędzi bioinformatycznych wspomagających integratywną analizę danych z zakresu genomiki, transkryptomiki, proteomiki, metabolomiki, przeprowadzenie analizy porównawczej różnych technik integracji danych
• Stworzenie środowiska obliczeniowego dla automatycznego modelowania widm proteomicznych MALDI ToF wysokiej i niskiej rozdzielczości
• Implementacja i optymalizacja algorytmów automatycznej korekty fazy i linii bazowej
w widmach NMR oraz MALDI-MS
• Opracowanie oraz przeprowadzenie analizy wrażliwościowej i jakościowej zmodyfikowanych algorytmów imputacji brakujących danych w badaniach asocjacyjnych całego genomu
• Opracowanie metod oraz przeprowadzenie analizy danych dotyczących liczby kopii sekwencji DNA pochodzących z macierzy Cytoscan w aspekcie radiowrażliwości
• Rozwój algorytmu selekcji cech metodą Monte Carlo i zastosowanie go do klasyfikacji za pomocą zróżnicowanych metod, takich jak drzewa decyzyjne, SVM lub regresja logistyczna
• Konstrukcja i analiza modeli kosztów leczenia i profilaktyki oraz modeli epidemiologicznych wraz z estymacją parametrów dla danych dotyczących cukrzycy typu I i II na terenie Górnego Śląska
• Poszukiwanie algorytmów do analizy danych uzyskanych technikami obrazowania molekularnego MALDI-IMS do znalezienia obszarów heterogeniczności guza oraz sygnatury molekularnej poszczególnych struktur
• Rozwój metod i algorytmów statystycznych w zastosowaniach do analizy danych o dużych próbach oraz rozwinięcie sposobu analizy w kierunku metod bayesowskich.
Afiliowane publikacje:
1. Chobot Agata, Ewa Rusak, Janet Wenzlau, Howard Davidson, Piotr Adamczyk, Agnieszka Krzywicka, Bogdan Mazur, Joanna Polanska, Marian Rewers: ATP4A autoimmunity in pediatric patients with type 1 diabetes and its relationship to blood count, iron metabolism and vitamin B12. Pediatric Diabetes, 2018, 19:80-84, Epub April 12, 2017, doi: 10.1111/pedi.12528
2. Krawczyk A, Polanska J: Comparative analysis of microRNA-target gene interaction prediction algorithms based on integrated p-value calculation. Advances in Intelligent Systems and Computing, 2018, 659:137-143, International Conference on Man-Machine Interactions, ICMMI 2017, October 3-6, 2017, Kraków
3. Dziedzic R, Zurek W, Marjanski T, Rudzinski P, Orlowski TM, Sawicka W, Marczyk M, Polanska J, Rzyman W: Stage I non-small cell lung cancer. Long-term results of lobectomy versus sublobar resection from the Polish National Lung Cancer Registry. European Journal of Cardio-Thoracic Surgery, 2017, 52(2):363–369, doi: 10.1093/ejcts/ezx092
4. Chobot A, Polanska J, Brandt A, Deja G, Glowinska-Olszewska B, Pilecki O, Szadkowska A, Mysliwiec M, Jarosz-Chobot P: Updated 24-year trend of type 1 diabetes incidence in children in Poland reveals a sinusoidal pattern and sustained increase. Diabetic Medicine, 2017, 34(9):1252-1258; doi: 10.1111/dme.13345
5. Agata Kilar, Theresia Conrad, Jörg Linde, Joanna Polanska: Iron redistribution after Candida albicans infection in the murine kidney. 6th International Conference on Microbial Communication for Young Scientists MiCom2017, 20-23.03.2017, Jena, Germany
6. Cecotka A., Polanska J.: Zmiany poziomu metylacji DNA w różnych regionach genomu w ostrej białaczce szpikowej. Śląskie Spotkania Naukowe IV SSN, 24-25.03.2017, Ustroń, Polska, p.12
7. Bednarczyk K., Polanska J.: Analiza korekcji linii bazowej w widmach z obrazowania molekularnego MSI s. 9, Śląskie Spotkania Naukowe, Marzec 24-25, 2017, Ustroń
8. Bożena Rolnik, Najla Al-Harbi, Sara Bin Judia, Salma Majid, Ghazi Alsbeih, Joanna Polanska: Analiza trendów zmian strukturalnych w genomie w odpowiedzi na wybrane dawki promieniowania jonizującego. Śląskie Spotkania Naukowe IV SSN, 24-25.03.2017, Ustroń, Polska, p.41
9. Chobot A, Sokołowska M, Stompór J, Szyda K, Deja G, Polanska J, Jarosz-Chobot P: Okres remisji u dzieci z cukrzycą typu 1 (T1DM) rozpoznaną w latach 2012-2013. Clinical Diabetology, 2017, 6(Suppl.B):2-3, XVIII Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Diabetologicznego PTD’17, 18-20 maja 2017, Poznań
10. Rusak E, Adamczyk P, Mazur B, Rotarska-Mizera A, Polanska J, Chobot A: Ocena parametrów gospodarki żelazowej oraz morfologii krwi obwodowej u dzieci z cukrzycą typu 1 (T1DM). Clinical Diabetology, 2017, 6(Suppl.B):18, XVIII Zjazd Naukowy Polskiego Towarzystwa Diabetologicznego PTD’17, 18-20 maja 2017, Poznań
11. Widlak Piotr, Malgorzata Ros-Mazurczyk, Anna Wojakowska, Karol Jelonek, Monika Pietrowska, Lukasz Marczak, Krzysztof Polanski, Michal Marczyk, Joanna Polanska, Rafal Dziadziuszko, Jacek Jassem, Witold Rzyman: Molecular Signatures Based on Serum Lipids and Metabolites Discriminate Patients with Early Lung Cancer and Healthy Participants of Lung Cancer Screening, GAP 2017 Conference, MD Anderson Houston TX, USA, 9-11 maja 2017
12. Zyla J., Marczyk M., Polanska J.: Reproducibility of Finding Enriched Gene Sets in Biological Data Analysis. In: Fdez-Riverola F., Mohamad M., Rocha M., De Paz J., Pinto T. (eds) 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics. PACBB 2017. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol 616. p. 146-154 (2017) Springer, Cham ISBN:978-3-319-60815-0
13. Skrzypski MT, Szymanowska-Narloch A, Jassem E, Marczyk M, Polanska J, Biernat W, Rzyman W, Maciejewska A, Pawlowski R, Jassem J: Prognostic value of NK and T-lymphocytes markers in operable non-small cell lung cancer (NSCLC). Journal of Clinical Oncology 2017, 35(15_suppl), p. 11556. ASCO Annual Meeting, Chicago, USA, June 2-6, 2017
14. Skrzypski MT, Marczyk M, Szymanowska A, Kowalczyk A, Maciejewska A, Pawlowski R, Biernat W, Polanska J, Jassem J: Prognostic value of the expression of NKG2D and CD96 in early stage non-small cell lung cancer (NSCLC). Cancer Research 2017, 77(13 Suppl), p. 3700. American Association for Cancer Research Annual Meeting, Washington, USA, April 1-5, 2017
15. Bożena Rolnik, Najla Al-Harbi, Sara Bin Judia, Salma Majid, Ghazi Alsbeih, Joanna Polanska: Characteristics of Copy Number Variation in radiosensitive cell line. Computational Approached in Precision Medicine, 2017, 27-28 July, Vienna, Austria
16. Cecotka A., Polanska J.: Novel Method of Identifying DNA Methylation Fingerprint of Acute Myeloid Leukaemia. In: Fdez-Riverola F., Mohamad M., Rocha M., De Paz J., Pinto T. (eds) 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics. PACBB 2017. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol 616. pp 189-196, (2017) Springer, Cham ISBN:978-3-319-60815-0
17. M. Szczepanski and K. Radlak, Digital Path Approach Despeckle Filter for Ultrasound Imaging and Video, Journal of Healthcare Engineering, vol. 2017, Article ID 9271251, pp. 1-13, 2017.
18. Krol L., Polanska J.: Multidimensional Feature Selection and Interaction Mining with Decision Tree Based Ensemble Methods. In: Fdez-Riverola F., Mohamad M., Rocha M., De Paz J., Pinto T. (eds) 11th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics. PACBB 2017. Advances in Intelligent Systems and Computing, vol 616. pp 118-125, (2017) Springer, Cham ISBN:978-3-319-60815-0
19. Kotas Justyna, Gaipl Udo and Polanska Joanna. Analysis of data from immunophenotyping of patients undergoing low dose radiation therapy, 2017. XXI Gliwice Scientific Meetings (XXI GSN), 17/11/2017-18/11/2017, Gliwice, Poland, pp. 121
20. Bednarczyk K, Binczyk F, Polanska J: Quality evaluation of chosen segmentation technique in magnetic resonance imaging data analysis. Gliwickie Spotkania Naukowe 2016, 18-19.11.2016, Gliwice, Polska, p.61
21. Labaj W, Papiez A, Polanska J: Leukemia subtype biomarker validation in large gene ex-pression study. Gliwickie Spotkania Naukowe 2016, 18-19.11.2016, Gliwice, Polska, p.101 – poster
22. Zyla J, Marczyk M, Polanska J: Discovering new biologically relevant pathways by Gene Set Enrichment Analysis. Book of Abstracts, p.102, XX Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 18-19, 2016
23. Cecotka Agnieszka, Grainne Manning, Christophe Badie, Simon Bouffler, Joanna Polanska: Demethylation level diversification among different genome regions in human AML. Gli-wickie Spotkania Naukowe 2016, 18-19.11.2016, Gliwice, Polska, p.104 – poster
24. Cecotka A, Manning G, Badie C, Bouffler S, Polanska J: Demethylation level diversification among different genome regions in human AML, Book of Abstracts, p.104, XX Gliwice Scientific Meetings, Gliwice, November 18-19, 2016
25. Rolnik B., Al-Harbi N., Judia S.B., Majid S., Alsbeih G., Polanska J.: Hierarchical clusterization of dose-response trends in structural modifications of genome, Acta Biochimica Polonica, Supplement 2, Abstracts of BIO 2016 Congress, Wrocław, Poland 13-16.09.16, p.44
26. Binek A, Rembierz-Knoll A, Polanska J, Jarosz-Chobot P: Reasons for the discontinuation of therapy of personal insulin pump in children with type 1 diabetes. Pediatr Endocrinol Diabetes Metab 2016; 21(2):65-69
27. Bobowicz M, Skrzypski M, Czapiewski P, Marczyk M, Maciejewska A, Jankowski M, Szulgo-Paczkowska A, Zegarski W, Pawłowski R, Polanska J, Biernat W, Jaśkiewicz J, Jassem J: MicroRNA prognostic signature for distant relapse in early stage colon cancer. European Journal of Surgical Oncology 2016, 42(9), p.S85. 36th Congress of European Society of Surgical Oncology ESSO 2016, 14-16 September 2016, Kraków, Poland
28. Bobowicz M, Skrzypski M, Czapiewski P, Marczyk M, Maciejewska A, Jankowski M, Szulgo-Paczkowska A, Zegarski W, Pawlowski R, Polanska J, Biernat W, Jaskiewicz J, Jassem J: Prognostic value of 5-microRNA based signature in T2-T3N0 colon cancer. Clinical & Experimental Metastasis, 2016, 33:765–773, DOI 10.1007/s10585-016-9810-1
29. Zurek W, Rudzinski P, Orlowski T, Marczyk M, Rzyman W: Stage I Non-Small Cell Lung Cancer: Long-Term Results of Lobectomy Versus Sublobar Resection From the Polish Lung Cancer National Registry. Interactive CardioVascular and Thoracic Surgery 2016, 23(Suppl. 1), p.i26. doi:10.1093/icvts/ivw260.92. 24th European Conference on General Thoracic Surgery, Naples, Italy, May 29 – June 1, 2016
30. Zyla J., Badie C., Alsbeih G., Polanska J.: Integracja prawdopodobieństw dla analiz wyników eksperymentów wysokoprzepustowej biologii molekularnej, III Śląskie Spotkania Naukowe, str. 47, Dzierżno 3-4.06.2016
31. Candéias Serge M., Justyna Mika, Sylwia Kabacik, Ann-Karin Olsen, Joanna Polanska, Simon Bouffler, Christophe M Badie: Long term alteration of mouse TCR repertoire following radiation exposure, Radiation Protection Week, Book of abstracts, p.84, 19-23.09.2016, Oxford, UK
32. Krawczyk A, Polanska J: Methods and tools used in mass spectrometry in order to perform deisotoping. OurCon IV, 4th Imaging Mass Spectrometry Conference, 17-21.10.2016, Ustroń
33. Widlak P, Pietrowska M, Diehl HC, Mrukwa G, Kalinowska-Herok M, Gawin M, Chekan M, Elm J, Drazek G, Krawczyk A, Lange D, Meyer HE, Polanska J, Henkel C: Classification of thyroid cancer subtypes based on features of tissue revealed by MALDI-MSI. OurCon IV, 4th Imaging Mass Spectrometry Conference, 17-21.10.2016, Ustroń
34. Pietrowska M, Gawin M, Polanska J, Widłak P: Tissue fixed with formalin and processed without paraffin embedding is suitable for imaging of both peptides and lipids by MALDI-MSI. OurCon IV, 4th Imaging Mass Spectrometry Conference, 17-21.10.2016, Ustroń
35. Polanska J, Mrukwa G, Drazek G, Krawczyk A, Chekan M, Pietrowska M, Widlak P: Gaussian Mixture modelling in MSI-based search for molecularly homogenous regions in cancer tissue. OurCon IV, 4th Imaging Mass Spectrometry Conference, 17-21.10.2016, Ustroń
Tytuł projektu: Wybrane problemy przetwarzania barwnych obrazów cyfrowych
Numer: BK/213/Rau1/2016/04
Czas trwania: 2016/01/01-2017/12/31
Kierownik: Bogdan Smolka
Główny wykonawca: Henryk Palus
Wykonawcy: Adam Popowicz, Bartosz Binias, Mariusz Frackiewicz, Andrzej Kordecki, Artur Bal, Marek Szczepanski, Krystian Radlak
Opis projektu: Celami realizacji zadania są:
• Opracowanie nowej rodziny filtrów umożliwiających poprawę jakości barwnych obrazów cyfrowych zakłóconych przez mieszaninę szumu impulsowego i gaussowskiego. Koncepcja nowego paradygmatu filtracji opiera się na zastosowaniu odpornej miary podobieństwa pikseli uwzględniającej strukturę ich lokalnego sąsiedztwa.
• Opracowanie algorytmu redukcji szumów impulsowych w barwnych obrazach cyfrowych bazującego na transformacji dystansowej.
• Utworzenie nowej klasy algorytmów redukcji szumów mieszanych w obrazach cyfrowych
i w sekwencjach wideo, opartych na koncepcji ścieżek cyfrowych oraz średnich nielokalnych. Proponowana metoda będzie łączyła efektywność detekcji impulsów ze skutecznością filtracji zakłóceń o rozkładzie zbliżonym do rozkładu Gaussa, poprzez wykorzystanie algorytmu średnich nielokalnych oraz samopodobieństwa kolejnych klatek obrazu.
• Nowe zastosowania wskaźnika DSCSI (Directional Statistics based Color Similarity Index) do oceny obrazów poddanych przetwarzaniu wstępnemu.
• Opracowanie algorytmów detekcji skóry w obrazach barwnych.
• Utworzenie nowych metod segmentacji obrazów monochromatycznych i barwnych, bazujących na rozroście obszarów. Rozwijanie kombinowanych metod kwantyzacji obrazów barwnych wraz z ditheringiem.
• Zastosowanie wskaźników jakości (Jaccarda, Dice’a i innych) do oceny jakości segmentacji obrazów.
• Opracowanie poprawionej metody Funta dla potrzeb kalibracji kolorymetrycznej.
• Zastosowanie algorytmów wizji komputerowej do rozpoznawania autentyczności ekspresji mimicznych.
• Opracowanie procedur kalibracji kolorymetrycznej urządzeń pozyskujących oraz reprodukujących obrazy cyfrowe. Badania będą dotyczyły m.in. wpływu warunków otoczenia na procesy pozyskiwania i reprodukcji obrazów, metod korekcji zniekształceń powstałych
w wyniku akwizycji obrazów i technik tworzenia obrazów o rozszerzonym zakresie dynamiki.
• Analiza możliwości poprawy wyników segmentacji obrazów poprzez: zastosowanie nowych kryteriów łączenia obszarów na etapie przetwarzania końcowego, rozwój metod przydziału pikseli leżących między dwoma obszarami oraz opracowanie elastycznych metod oceny wyników segmentacji.
Planowanymi efektami naukowymi i praktycznymi są:
• Zastosowanie nowych algorytmów redukcji szumów do poprawy jakości obrazów i sekwencji wideo pozyskiwanych za pomocą kamer szybkobieżnych.
• Wykorzystanie zasobów kart graficznych do akceleracji algorytmów redukcji szumów impulsowych w barwnych obrazach cyfrowych i sekwencjach wideo.
• Zastosowanie opracowanych algorytmów do redukcji szumów w obrazach i sekwencjach wideo pozyskanych w trudnych warunkach oświetleniowych. Dodatkowo zaproponowane algorytmy zostaną wykorzystane do poprawy jakości pojedynczego obrazu przy jego wielokrotnej akwizycji.
• Powstałe algorytmy detekcji skóry umożliwią ich zastosowanie m. in. do wykrywania chorobowych zmian dermatologicznych.
• Opracowane metody segmentacji zostaną zastosowane do analizy obr
Afiliowane publikacje:
1. K. Radlak, M. Frackiewicz, H. Palus, B. Smolka, Finger joint synovitis detection in ultrasound images, Bulletin of the Polish Academy of Sciences: Technical Sciences (in press, JCR)
2. ○ B. Smolka, Impulsive noise removal in color images based on the local neighborhood exploration by geodesic digital paths, 17th International Multidisciplinary Scientific GeoConference SGEM 2017, SGEM2017 Conference Proceedings, ISBN 978-619-7408-01-0 / ISSN 1314-2704, 29 June – 5 July, 2017, Vol. 17, Issue 21, 359-366 pp, DOI: 10.5593/sgem2017/21/S07.046
3. L. Malinski, B. Smolka, D. Jama, On the efficiency of a fast technique of impulsive noise removal in color digital images, 22nd International Conference on Methods and Models in Automation and Robotics, MMAR 2017, Międzyzdroje, Poland, August 28-31, 2017, pp. 855-860,2017, ISBN: 978-1-5386-2402-9, DOI: 10.1109/MMAR.2017.8046940
4. K. Radlak, N. Radlak, B. Smolka, Static posed versus genuine smile recognition, Advances in Intelligent Systems and Computing, book series (AISC, volume 578), pp. 423-432, Springer, 2017, DOI 10.1007/978-3-319-59162-9_44
5. B. Binias, M. Niezabitowski, Adaptive Nonlinear Projective Filtering Application to Filtering of Artifacts in EEG Signals, Proceedings of the 14th International Conference on Informatics in Control, Automation and Robotics. ICINCO 2017, 440-448, Madrid, Spain 2017.
6. Binias Bartosz and Palus Henryk. Windowed local area average reference filter for increasing the spatial resolution of EEG signals, 2016. 21st International Conference on Methods and Models in Automation and Robotics (MMAR 2016), 29/08/2016-01/09/2016, Międzyzdroje, Polska (Miedzyzdroje, Poland). 2016 21st International Conference on Methods and Models in Automation and Robotics (MMAR), ISBN: 978-1-5090-1866-6
7. K. Radlak, M. Frackiewicz, H. Palus, B. Smolka, Automated finger joint synovitis localization in ultrasound images, Automatyzacja procesów dyskretnych. Teoria i zastosowania, Tom II, p. 179-188, 2015, ISBN 978-83-62652-79-2
8. A. Kordecki, Bal A, H. Palus, Local polynomial model: a new approach to vignetting correction, The 9th International Conference on Machine Vision (ICMV), Nicea, 2016
9. Palus H., Frackiewicz M., Further applications of the DSCSI metric for evaluating color quantization, 9th International Conference on Machine Vision 2016 (Nice, France)
Tytuł projektu: Grant rektorski w obszarze badań naukowych i prac rozwojowych
Numer: 02/010/RGJ17/0061
Czas trwania: 2016-12-15-2017-12-31
Kierownik: Joanna Polanska
Główny wykonawca:
Wykonawcy:
Opis projektu: Publikacja wspierana w ramach rektorskiego grantu w obszarze badań naukowych i prac rozwojowych. Politechnika Śląska, 02/010/RGJ17/0061
Afiliowane publikacje:
