Zapraszamy do udziału w seminarium dr. Sudhira Kumara, które odbędzie się online już dziś, 11 lutego o godz. 15.00.

Dr Sudhir Kumar to czołowy badacz w dziedzinie biologii ewolucyjnej, który wniósł znaczący wkład w dziedzinę fitomedycyny. Obecnie jest profesorem Laury H. Carnell na Wydziale Biologii i dyrektorem Instytutu Genomiki i Medycyny Ewolucyjnej na Uniwersytecie Temple w Filadelfii. PA.

Jego laboratorium opracowuje zaawansowane algorytmy, oprogramowanie i bazy danych służące do analizy współczesnych i dawnych mutacji odpowiedzialnych za rozbieżność gatunkową, choroby genetyczne, epidemie wirusowe i postęp nowotworów. Do jego wpływowych osiągnięć należą oprogramowanie MEGA ( www.megasoftware.net ) do analizy ewolucji molekularnej oraz baza wiedzy TimeTree ( www.timetree.org ) do badania czasów rozejścia się gatunków.

Dr Sudhir Kumar przyjechał do Polski na zaproszenie prof. dr. hab. inż. Joanny Polańskiej z Politechniki Śląskiej oraz Tarasa Oleksyka, amerykańskiego stypendysty Fulbrighta.

Seminarium odbędzie się na platformie Zoom. Link: https://us02web.zoom.us/j/6232255230?pwd=OGExUWdKZmdGTitNYlI2c2MrUkZPQT09

Tytuł wykładu: Harnessing Ancient and Personal Mutations for Biodiversity and Biomedicine

Abstrakt: Badania ewolucji molekularnej, które odgrywają kluczową rolę w genomice funkcjonalnej, systematyce i medycynie genomicznej, rozwinęły się dynamicznie w ciągu ostatnich trzech dekad. Naukowcy, którzy kiedyś pracowali z kilkoma sekwencjami, teraz mają do czynienia z ogromnymi zbiorami danych obejmującymi tysiące genów, całych genomów i komórek somatycznych. Ta zmiana paradygmatu umożliwiła analizę porównawczą wariantów różnych patogenów, nowotworów, populacji i gatunków, ale wymagała również innowacyjnych metod, algorytmów i narzędzi. Podczas seminarium dr Kumar omówi rozwój nowych technik obliczeniowych i algorytmów uczenia maszynowego służących do rekonstrukcji filogenezy molekularnej, szacowania czasów dywergencji i analizowania zmienności genetycznej u ludzi, nowotworów i patogenów. Podkreśli, że jego zespół skupia się na ekologicznych obliczeniach, dzięki którym analiza dużych zbiorów danych stanie się szerzej dostępna. Ich osiągnięcia, w tym skonstruowanie największego drzewa czasowego życia i opracowanie modeli predykcyjnych ryzyka zachorowania na raka krwi, stanowią przykład transformacyjnego potencjału integracji filogenetyki molekularnej, genomiki i medycyny — podejścia zwanego filomedycyną. Wnioski te rozpowszechniły się za pośrednictwem powszechnie stosowanych narzędzi i baz danych, m.in. oprogramowania MEGA i bazy wiedzy TimeTree, co zwiększyło wartość metod ewolucyjnych w globalnych przedsięwzięciach naukowych.