Sekcja Bioinformatyki i Biologii Obliczeniowej
Pracownia dysponuje wysokiej klasy serwerami baz danych, które zapewniają przechowywanie, przeszukiwanie i przetwarzanie danych biomedycznych w krótkim czasie. Jednocześnie serwery te posiadają ogromną przestrzeń dyskową. Konfiguracja serwerów i klastrów baz danych dostępnych w pracowni zapewnia dodatkowo wysoką dostępność (High Availability) baz danych na wypadek wystąpienia awarii i automatyczne przekierowanie użytkowników do dostępnego serwera.
Główną misją Pracowni Bioinformatycznych Systemów Baz Danych jest zapewnienie:
Zapewnienie miejsca dla składowania danych biomedycznych specjalistom z dziedzin biologii, medycyny, biochemii i bioinformatyki.
Udostępnienie bezpiecznego środowiska serwerów baz i hurtowni danych biomedycznych.
Umożliwienie wydajnego przetwarzania danych biomedycznych na serwerach Pracowni.
Umożliwienie prowadzenia zaawansowanej analizy danych dla szeroko pojętej medycyny spersonalizowanej.
Zapewnienie możliwości prowadzenia badań mających na celu odkrywanie wiedzy ukrytej w bogactwie informacji biologicznej.
Obecnie na serwerach Pracowni Bioinformatycznych Systemów Baz Danych przechowywana jest hurtowania danych biomedycznych Chernobyl Tissue Bank wykonana na zlecenie Imperial College of London.
Pracownia Bioinformatycznych Systemów Baz Danych udostępnia:
Klastry baz i hurtowni danych pracujące pod kontrolą różnych systemów zarządzania bazą danych (SZBD).
Niezależne serwery wolnostojące dla mniejszych zastosowań.
Pracownia Obliczeń Równoległych
Moc obliczeniowa (szacunkowo ok. 10 TFLOPS) pozwala na przeprowadzenie wielu złożonych obliczeń wykorzystujących dane biologiczne, i nie tylko, które gromadzone są w innych Laboratoriach Centrum Biotechnologii. Klaster bazodanowy umożliwia gromadzenie i udostępnianie danych w ramach jednego z systemów baz danych (Oracle lub MS SQL). W chwili obecnej klaster jest wykorzystywany do realizacji projektów naukowych z obszarów biologii obliczeniowej i bioinformatyki m.in. poszukiwanie optymalnych protokołów terapii antynowotworowych, przetwarzanie danych z głębokiego sekwencjonowania, modelowanie molekularnych interakcji białko-ligand, poszukiwanie wzorców w sekwencjach DNA i inne, aczkolwiek system umożliwia wykonywanie obliczeń równoległych z innych dziedzin nauki.
Pracownia Cyfrowego Przetwarzania i Wizualizacji Obrazów Biomedycznych
Wyposażenie Pracowni Cyfrowego Przetwarzania i Wizualizacji Obrazów Biomedycznych jest komplementarne względem wyposażenia Pracowni Badań Mikroskopowych i Wizualizacji oraz Pracowni DNA i RNA — pozwala to na prowadzenie w ramach jednego laboratorium interdyscyplinarnych badań obejmujących cały proces obrazowania mikroskopowych preparatów biomedycznych oraz dokumentacji wyników elektroforezy począwszy od ich akwizycji po analizę i wizualizację.
Unikalnym wyposażeniem pracowni są stanowiska do pomiarów fotometrycznych i kolorymetrycznych. Posiadane w tym zakresie wyposażenie pozwala na prowadzenie zaawansowanych badań dotyczących problematyki kalibracji kolorymetrycznej i zarządzania barwą.
Pracownia Przygotowania i Składowania Danych
...Pracownia Przygotowania i Składowania Danych
Kategoria: Laboratorium Bioinformatyki i Biologii Obliczeniowej
Niejednokrotnie jest to zarówno jeden jak i drugi proces. W pracowni najczęściej prowadzi się pracę z: danymi z oligonukleotydowych mikromacierzy DNA o wysokiej gęstości (podlegają one m.in. procesom korekcji tła, normalizacji oraz sumaryzacji); danymi z głębokiego sekwencjonowania; danymi proteomicznymi; oraz danymi obrazowymi pochodzenia medycznego (tomografia komputerowa, rezonans magnetyczny, SPECT, PET).
Pracownia wykorzystywana jest do pracy naukowej zarówno przez pracowników Politechniki Śląskiej, jak również przez studentów ostatnich roczników, opracowujących dane do prac magisterskich.
Laboratorium wyposażone jest w 13 stacji roboczych (model Samsung NC 241), tzw. Zero Client Display/Cloud Display, umożliwiających pracę z wirtualnymi systemami operacyjnymi. Połączenie z serwerem umożliwia zintegrowana ze stacjami technologia PC-OVER-IP. Wirtualizacja systemów odbywa się przy pomocy środowiska VMware View. Stacje robocze umożliwiają pracę z zasobami zarówno klastra obliczeniowego „Ziemowit”, jak również klastra bazodanowego, będących również na wyposażeniu Laboratorium Bioinformatyki i Biologii Obliczeniowej