Department of Telecommunications and Teleinformatics Faculty of Automatic Control, Electronics and Computer Science

Projekt badawczy naukowców Politechniki Śląskiej pozwalający identyfikować i klasyfikować w grupy nowo odkryte białka, znalazł się wśród 45 projektów nagrodzonych w prestiżowym konkursie Microsoft Azure for Research. Za stworzenie systemu Cloud4Psi młodzi naukowcy z naszej uczelni otrzymali grant w wysokości 40 tys. dolarów na roczny dostęp do infrastruktury obliczeniowej Microsoft Azure.

W skład nieformalnej grupy badawczej Cloud4Proteins wchodzą naukowcy z Instytutu Informatyki WAEI - dr inż. Dariusz Mrozek (lider grupy), dr inż. Bożena Małysiak-Mrozek oraz studenci i absolwenci Wydziału.

Wyróżnieni badacze z Politechniki Śląskiej stworzyli system, który porównuje i szuka podobieństw białek na poziomie ich trójwymiarowej struktury. Cloud4Psi będzie pozwalał na szybkie identyfikowanie funkcji nowo odkrytego białka, jeśli nie jest ona jeszcze znana i kiedy prostsze metody identyfikacji okazują się niewystarczające. Umożliwi on również klasyfikowanie białek w grupy i pozwoli poznawać historię ewolucji organizmów, w których białka te pełnią swoją funkcję. Możliwość dogłębnego wejścia w trójwymiarowe struktury białkowe może pomóc w leczeniu nieuleczalnych dziś chorób, a także poznać mechanizmy ich działania. – Od wielu lat poszukiwaliśmy takiego środowiska obliczeniowego, jakim jest chmura. Kiedyś rozpraszaliśmy nasze obliczenia na komputerach posiadanych przez uczelnię, co wymagało instalacji oprogramowania na każdym z komputerów osobno. Model programowania Microsoft Azure umożliwia konfigurację rozproszenia obliczeń w jednym miejscu i publikację wszystkiego w chmurze, co bardzo upraszcza zadanie – tłumaczy dr inż. Dariusz Mrozek z Instytutu Informatyki Politechniki Śląskiej, lider nieformalnej grupy badawczej Cloud4Proteins. Ze względu na skomplikowaną strukturę białkową, zbudowaną z tysięcy atomów, poszukiwanie podobieństw zajmuje nawet kilkadziesiąt godzin i wymaga mocy obliczeniowych komputerów, które nie są powszechnie dostępne. Zadanie to znacząco przyspiesza chmura Azure, udostępniająca mnóstwo węzłów obliczeniowych, na których można rozpraszać proces poszukiwania podobieństwa strukturalnego białek.

Program Microsoft Azure for Research to kontynuacja szkoleń dla ośrodków badawczych w zakresie wykorzystywania potencjału chmury Microsoft Azure oraz programu grantów w postaci zasobów obliczeniowych tej usługi. Dzięki rozwiązaniom Microsoft Azure w zakresie wykonywania dużych obliczeń danych w chmurze, firma wspiera ośrodki badawcze, ułatwiając, a przede wszystkim przyspieszając, pracę naukowców. W tym roku wśród 45 projektów nagrodzonych przez Microsoft znalazły się dwa polskie projekty. Oprócz przedsięwzięcia badaczy Politechniki Śląskiej doceniono również projekt SparkSeq z Politechniki Warszawskiej, którego celem jest opracowywanie nowych algorytmów analizy danych z sekwencjonowania DNA i RNA.