Doktor habilitowany nauk technicznych, inżynier o specjalności ogrzewnictwo, wentylacja i technika odpylania.

W 1999 r. ukończył studia magisterskie na Wydziale Inżynierii Środowiska i Energetyki Politechniki Śląskiej w Gliwicach. Studia doktoranckie odbył w Duńskim Uniwersytecie Technicznym w Kongens Lyngby, gdzie w 2003 r. uzyskał tytuł doktora nauk technicznych. Praca doktorska dotyczyła badania wpływu osobistej wentylacji na komfort, zdrowie i wydajność pracy jej użytkowników. Następnie do 2005 r. kontynuował pracę w Duńskim Uniwersytecie Technicznym w Międzynarodowym Centrum Środowiska Wewnętrznego i Energii na stanowisku adiunkta. Zajmował się badaniami wpływu sposobu eksploatacji systemów wentylacji i klimatyzacji na jakość powietrza w pomieszczeniach.

Działalność naukowo-dydaktyczną w Politechnice Śląskiej rozpoczął w październiku 2005 r. Praca badawcza Jana Kaczmarczyka dotyczy analiz działania systemów lokalnego kształtowania środowiska oraz metod oceny jakości środowiska wewnętrznego w budynkach o różnym przeznaczeniu.

Stale współpracuje również z naukowcami z Międzynarodowym Centrum Środowiska Wewnętrznego i Energii na Duńskim Uniwersytecie Technicznym, uczestnicząc we wspólnych projektach badawczych.

W 2011 r. za swoją pracę otrzymał nagrodę Amerykańskiego Stowarzyszenia Inżynierów Ogrzewnictwa, Chłodnictwa, Wentylacji i Klimatyzacji ASHRAE im. Ralpha G. Nevina w dziedzinie fizjologii i środowiska człowieka. Nagroda ta jest przyznawana corocznie jednemu wyróżniającemu się w tej dziedzinie młodemu naukowcowi. Dr inż. Jan Kaczmarczyk jest członkiem Międzynarodowego Stowarzyszenia Jakości Powietrza Wewnętrznego i Środowiska (ISIAQ).

Od września 2015 jest kierownikiem Katedry Ogrzewnictwa, Wentylacji i Techniki Odpylania.